L’enseignement est une des priorités et une des missions du CRIOAc Lyon. Comme toute structure hospitalo-universitaire, nous accueillons les étudiants en médecine et en pharmacie dans nos services et laboratoires, et formons des internes de médecine, de chirurgie, et de pharmacie. Le CRIOAc Lyon a participé activement à la concrétisation du DIU inter-universitaire Infection ostéoarticulaire qui a lieu tous les 2 ans eu sein du réseau CRIOAc.
Le CRIOAc Lyon réalise chaque année une journée annuelle de formation. Le CRIOAc Lyon est par ailleurs un centre d’accueil du travelling fellowship de la European Bone and Joint Infection society (EBJIS).