Le diagnostic bactériologique est rendu difficile par le fait que les bactéries incriminées :
- Appartiennent à des espèces très variées, sont souvent des espèces appartenant à la flore cutanée (risque de faux positif par contamination par la flore du patient au moment du prélèvement ou des soignants lors de la réalisation, de la manipulation et l’ensemencement du prélèvement)
- Présentent pour certaines une croissance lente et/ou difficile comme les bactéries anaérobies, ou une grande fragilité comme Kingella kingae, ou un état métabolique particulier comme les bactéries sous forme de biofilm, les variants métaboliques appelés aussi small colony variants ou SCV)
- Sont parfois en nombre limité au site infecté, ou piégés au sein d’un biofilm.
Les techniques mises en œuvre pour la réalisation optimale de ce diagnostic microbiologique au sein du CRIOAC Lyon (depuis le prélèvement jusqu’au rendu des résultats) répondent aux standards français les plus exigeants et suivent les recommandations du référentiel de microbiologie (REMIC) édité par la Société Française de Microbiologie.
Elles incluent des techniques de cultures classiques des bactéries, complétées lorsque cela est nécessaire par des techniques moléculaires permettant de rechercher de l’ADN bactérien lorsque les bactéries ne sont pas ou plus capables de croitre sur les milieux de cultures.
Tous les prélèvements sont techniqués aux Hospices Civils de Lyon à l’Institut des Agents Infectieux (IAI), au centre de biologie et de pathologie Nord (CBPN) de l’Hôpital de La Croix-Rousse.
Ce centre dispose d’une chaîne automatisée hospitalière de microbiologie d’une valeur d’environ 3 millions d’euros, la plus grande installée dans un CHU français, mise en service en novembre 2017, sur un plateau de microbiologie de 1300m2 qui fonctionne 24/24h et 7/7j. La manipulation des prélèvements ostéoarticulaires suivent un circuit dédié, avec un délai le plus court possible entre les différents bloc opératoire et l’IAI, avec un maximum de mesure pour éviter les contamination, et maximiser les chances de mettre en évidence la ou les bactéries responsables de l’infection, par technique de culture ou de biologie moléculaire. L’IAI héberge le Centre National de Référence (CNR) des staphylocoques qui a plusieurs missions nationales : (i) apporter une expertise microbiologique et identifier et typer les souches responsables de formes cliniques inhabituelles et les souches multi-résistantes; (ii) de contribuer à la surveillance épidémiologique des infections et toxémies staphylococciques en lien avec l’Agence nationale de santé publique (Santé Publique France); (iii) contribuer à l’alerte en signalant à l’Agence nationale de santé publique (Santé Publique France) tout événement inhabituel.